Perbandingan Desain Primer Gen Catalase (CAT) dengan BLAST & Primer3 Pada Padi (Oryza Sativa): Studi In Silico

Comparison of Catalase (CAT) Gene Primer Design Using BLAST and Primer3 in Rice (Oryza sativa): An In Silico Study

Abstract

Enzim katalase (CAT) merupakan salah satu enzim antioksidan yang berperan dalam menghilangkan Reactive Oxygen Species (ROS), penyebab stres abiotik pada tanaman padi. Selain itu, enzim ini berpotensi meningkatkan stabilitas oksidatif bahan pangan, membantu proses fermentasi, serta mendukung pengawetan. Potensi tersebut mendorong perlunya perancangan primer secara in silico untuk memperoleh kandidat primer yang memenuhi kriteria ideal pada proses amplifikasi PCR. Desain primer perlu dilakukan karena perlu dipastikan bahwa katalase telat memenuhi kriteria agar proses PCR dapat berjalan dengan baik. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dua desain primer spesifik gen katalase (CAT) pada Oryza sativa sebagai in silico menggunakan perangkat bioinformatika Primer-BLAST dan Primer3Plus.  Metode penelitian dilakukan dengan menganalisis sekuens gen katalase (CAT) dari Oryza sativa dari NCBI, kemudian dilakukan perancangan primer secara in silico menggunakan Primer-BLAST dan Primer3Plus. Hasil penelitian ini didapatkan pasangan primer dari software Primer-BLAST yaitu primer forward 5’-CCCCAAGCAAACATAACCGC-3’ dan primer reverse 5’-GCATGCCCTCCTAGATTCC-3’ dengan panjang primer masing masing 20 bp. Desain primer dengan Primer-BLAST menghasilkan primer yang paling ideal, meskipun pengaturan parameternya kurang fleksibel. Primer3Plus memberikan kemudahan dalam proses desain namuan data yang dihasilkan kurang lengkap sehingga perlu pengecekan lebih lanjut.